L'histoire
Le début de l'histoire de Code Lyoko est connue seulement depuis la Saison 3, où le double-épisode le Réveil de Xana a été diffusé.
Le début de l'aventure
Jérémie Belpois, un collégien, va un jour à une vieille usine désaffectée près de son collège pour y trouver des composants électroniques pour ses petits robots.
Il n'est pas déçu : il trouve un supercalculateur, qu'il décide de rallumer un soir.
Ce supercalculateur contient un monde virtuel, nommé Lyoko, sur lequel vit un humaine virtuelle (nommée Aelita), et Xana, un programme qui cherche à dominer le monde (du moins dans la saison 1).
Il finit par parler de sa découverte à 4 autres personnes, (Odd, Ulrich, Yumi et ... Sissi, la fille du proviseur qui va tout rapporter à son père).
Après un retour vers le passé, Sissi et son père oublient cette découverte. Les autres deviennent amis. La saison 1 peut commencer...
La saison 1
A la fin de ce double-épisode, Jérémie découvre qu'Aelita ne peut pas revenir sur terre comme les autres et décide de chercher un programme pour la matérialiser. Il découvre également que Xana est un programme qui lance des attaques en activant des tours, sur Lyoko. Ces tours sont des sortes de passages entre Lyoko et la terre. Les tours activées par Xana sont entourées d'un halô rouge. Une fois l'attaque lancée, le seul moyen de l'arrêter est qu'Aelita entre le code "Lyoko" dans la tour.
Sur Lyoko, les tours activées sont protégée par des monstres. Aelita n'ayant aucun moyen de les détruire, Yumi, Odd et Ulrich se rendent donc sur Lyoko par l'intermédiaire des scanners, qui leur permet de se "téléporter" sur Lyoko, pour aider Aelita à passer en force. Ils peuvent détruire les monstres grâce à leurs armes. Jérémie, lui, ne se rend jamais sur Lyoko : il est "l'opérateur", aux commandes du supercalculateur.
Durant la saison 1, Xana active des tours pour tenter de dominer le monde ou de tuer Jérémie, Odd, Ulrich et Yumi. Il emploiera des moyens aussi divers que tenter d'attaquer une centrale nucléaire, détruire le matériel de Jérémie au buldozer (rendant impossible tout transfert sur Lyoko), ou retenir tout le monde prisonnier dans le réfectoire...
A la fin de la saison 1, Jérémie réussit a matérialiser Aelita. Il pense donc pouvoir désactiver le supercalculateur et en finir pour de bon avec Xana. Mais Aelita s'évanouit au moment ou le supercalculateur se coupe. Jérémie le rallume, et pense que Xana lui à implanté un virus, et se met donc à rechercher l'anti-virus.
La saison 2
Elle commence sur les chapeaux de roue. Dès le premier épisode, Jérémie programme les véhicules, pour que nos héros puissent se déplacer rapidement. Mais quelques minutes plus tard, ils apprennent à leurs dépends que Xana aussi s'est remis a la programmation. Et ils leur programme un nouveau monstre du genre costaud. La tarentule (le fameux nouveau monstre), dévirtualise nos héros rapidement lors de leur première rencontre.
Ces tarentules, vont remplacer progressivement les anciens monstres sur les territoires de surface.
Puis, lors du 2ème épisode, ils découvrent un 5ème territoire sur Lyoko. Bien qui connu sous son nom de code (Carthage), les héros l'appellent simplement « le 5ème territoire ». Ce 5ème territoire donne accès via une interface a toute la mémoire de Xana. Il s'en suit une série de missions pour récupérer le plus de données possibles, pour permettre a Jérémie de trouver l'anti-virus.
Bien entendu, Xana ne va pas se laisser faire. A la suite d'une mission sur le 5ème territoire, il « ajoute » des données piégées pour prendre le contrôle du retour vers le passé. Jérémie se rend alors compte que les capacités de Xana s'accroissent a chaque retour dans le temps. Avec ses augmentations de puissance, Xana apprends a contrôler des êtres humains, et a faire des attaques de plus en plus perfectionnés et de plus en plus puissantes.
De plus, Xana a un nouveau but : voler la mémoire d'Aelita, par l'intermédiaire d'un monstre nommé « Méduse ». Ce monstre va poursuivre Aelita durant toute la saison 2.
Jérémie découvre également un mystérieux personnage, nommé Franz Hooper, qui serait le créateur de Lyoko, prisonnier de Xana. Il découvre un journal de lui, crypté. Il va finir par le décrypter entièrement vers la fin de la saison 2 (Épisode #51). Il se révèle que Franz est bel et bien le créateur de Lyoko et de Xana,mais qu'il est également le père d'Aelita.
Durant l'épisode suivant(#52, Réminiscence), Jérémie découvre que le bit de Xana est de s'emparer des clefs de Lyoko, que Franz Hooper à donné à lui-même et a sa fille en la virtualisant. Jérémie apprends aussi grâce au journal de Xana n'a rien pris à Aelita, mais lui a au contraire volé quelque chose. Cette partie manquante la lie à Xana. Ils décident d'aller la chercher... Et cela vire en catastrophe. Xana les piège et s'empare de la mémoire d'Aelita. Il s'évade alors du supercalculateur pour aller se réfugier dans le réseau. Franz Hooper réussit à remettre le morceau manquant d'Aelita en place (qui se révèle être ses souvenirs de sa vie sur terre) ainsi que sa mémoire, que Xana venait de lui voler. Mais Xana reste libre...
La saison 3
Xana s'est donné un nouveau but : détruire Lyoko, pour que nos héros ne puissent plus l'atteindre et qu'il puisse agir librement dans le réseau. Pour cela, il a plusieurs stratégies : détruire le coeur de Lyoko, un sphère située dans un salle du cinquième territoire, qui contient les programmes permettant à Lyoko de fonctionner (sa destruction équivaut à une disparition de Lyoko). Pour cela, il envoie d'énormes quantités de monstres qui tirent sur la sphère. Elle n'est protégée que par 2 barrières de protection, qui semblent se régénérer entre 2 attaques. Pour empêcher nos héros d'atteindre le cinquième territoire (et donc de protéger le coeur), il détruit les territoires de surface au fil des épisodes. Pour cela, il utilise la méduse pour implanter un virus à Aelita. Celle-ci est alors contrôlée par Xana. Il n'a plus qu'à faire avancer Aelita jusqu'à une tour du passage, et lui faire entrer le code Xana. Au fil de la saison 3, tous les territoires vont disparaître de cette manière. Heureusement Jérémie va trouver au moment de la destruction du dernier territoire le moyen de se virtualiser directement sur le 5ème territoire. Xana tente parfois de détruire directement le supercalculateur en le sabotant (Épisode #63 Sabotage), en posant des explosifs pour le détruire (Épisode #59 Le secret) ou encore se servir d'une personne possédée pour envoyer des décharges électriques dessus, grillant les circuits électroniques (Épisode #56). Mais toutes ces attaques échouent.
Pour contrer toutes ces attaques, Aelita dispose du pouvoir de créer des champs de force, qui dévirtualisent tout ceux qui le prennent. Ce pouvoir est suffisamment puissant pour arrêter et briser les tirs des Mégatanks (Épisode #56). L'on ne sais pas vraiment d'où il vient, car Jérémie dit qu'elle l'a « développé ». Cela peut signifier 2 choses : qu'elle l'avait déjà avant et qu'elle l'a découvert et l'a maîtriser, ou alors « développer » dans le sens de « Programmer »... Le mystère demeure.
Lors de l'avant-dernier épisode de la saison 3 (Épisode #64 Surmenage), les héros ont de plus en plus de mal à lutter contre Xana tout en menant leurs études à bien. Ils décident donc d'engager William dans la bande. Mal leur en prend : dès sa première excursion sur Lyoko alors que le coeur est attaqué, il ne suit pas les conseils d'Aelita et se fait posséder par Xana (Épisode #65). Après avoir dévirtualisé Aelita, il fonce dans la salle du coeur de Lyoko et commence à l'attaquer, à l'aide de monstres de Xana. Ulrich, Odd et Yumi arrivent, mais ils se font dévirtualiser par William, pour qui cela semble être d'une facilité déconcertante. William détruit le coeur de Lyoko, en lui donnant un coup d'épée. Tout semble perdu... Jusqu'à l'arrivée d'un mystérieux message signé Franz Hopper.
La saison 4
Grâce au message de Franz Hopper envoyé à Jérémie il va essayer de reconstruire Lyoko avec Aelita.
Un soir ils vont décider de ce laissé pour Reconstruire Lyoko tousse ce passe bien. Mais il on oublier une chose X.A.N.A ! Bien-sur les attaques recommence .Une copie de William t crée par Jérémie bien-sur la copie n’est pas aux point. Ils vont découvrir des Réplikas (Territoire de Lyoko mais reproduis en poussier exemplaire par X.A.N.A) pour détruire les Réplikas ils vont construire un sous-marin (pour le réseau) qui vont nommer Skidbladnir. Un nouveau monstre de X.A.N.A le Kolosse et ne pas oublier le retour de William sur terre. Création d’un agent nettoyant (par Jérémie) pour détruire X.A.N.A et destruction de Franz Hopper ou disparition.
Extinction du supercalculateur et peut être fin de la série
